另進入本園區一般管制區及遊憩區，攜帶寵物如無配戴練(繩)等約束者及未接種狂犬病、犬瘟熱等疫苗者，請勿進入；惟導盲犬(幼犬及合格導盲犬)於訓練或引領視覺功能障礙者除外。遊客中心、展示館及辦公廳舍，攜帶寵物如未用寵物袋(箱)或手抱者(不得落地)及未接種狂犬病、犬瘟熱等疫苗者，請勿進入；簡報室一律不可以帶寵物進入(含寵物箱及手抱者)；惟導盲犬(幼犬及合格導盲犬)於訓練或引領視覺功能障礙者除外。

園區內步道多屬特別景觀區，因此禁止攜帶寵物入內。中橫沿線九曲洞及燕子口步道原屬舊中橫公路，野生動物出沒機率較低，可攜帶寵物進入，但因緊鄰車道、深谷，因此須以牽繩、寵物箱或推車進行防護，確保您寵物的安全。 一般管制區、遊憩區(如大禹嶺、關原、天祥、布洛灣及太魯閣臺地等遊憩據點)雖不在限制範圍內，但仍建議以牽繩繫引，避免寵物及野生動物相互侵擾。

在園區野外可能存在各種寄生蟲（如跳蚤、恙蟲等）、病菌（如狂犬病病毒、犬瘟熱病毒等），這些多為人畜共通或動物間傳染病，會透過接觸受感染的動物或受汙染的水、土壤等環境而傳染；不把寵物帶入園區可以防止野生動物、寵物、流浪動物與人類在社區及野地之間寄生蟲、傳染病交互傳播之風險，保護野生動物、人類及寵物的健康安全。